一代大侠李慕白（周润发饰）有退出江湖之意，托付红颜知己俞秀莲（杨紫琼饰）将青冥剑转交给贝勒爷（郎雄饰）收藏，不料当夜遭玉娇龙（章子怡）窃取。俞秀莲暗中查访也大约知道是玉府小姐玉蛟龙所为，她想办法迫使玉蛟龙归还宝剑，免伤和气。但李慕白发现了害死师傅的碧眼狐狸（郑佩佩饰）的踪迹，她隐匿于玉府并收玉蛟龙为弟子。而玉蛟龙欲以青冥剑来斩断阻碍罗小虎（张震饰）的枷锁，他们私定终身。关系变得错综复杂，俞秀莲和李慕白爱惜玉蛟龙人才难得，苦心引导，但玉蛟龙却使性任气不听劝阻……

400多年前，峰峦迭嶂、古老原始的中国西南大山里，聚居着以天山族为首的侗、苗、瑶、傣各族山民。以产灵芝仙草享誉天下的天山堡，这天欢乐非凡，人们正在为堡主之子卡洛的满月举行庆典。忽然，家人报告官兵已打进城来。原来是堡主之弟洪虎勾结官府来篡位夺权。为使天山堡后继有人，堡主忍痛将少堡主卡洛和小郡主卡美拜托给老管家。老人不负所望，毅然将刚满月的孙子和少堡主调换，让儿子明伟带少堡主去日本寻找故友玄藏。自己则痛斥叛贼抱孙跳崖身亡。10年后，逃亡日本的明伟在大侠玄藏的帮助下，将少堡主培养成了武功超群的小忍者，取名影丸。为给师父治伤，需到中国天山堡去取灵芝草，影丸自告奋勇与师兄月丸、雾丸登上了回国的木船。他们风雨兼程奔向天山堡，途中解救了明珠和明德姐弟。他们成为好朋友，结伴前往天山堡。只顾赶路的5个少年被堡丁抓住，又被暗中保护他们的明伟所救。明伟万没想到这在这里碰上...